Die Keisermoschee ist eine der ersterbauten Moscheen in Bosnien und Herzegowina und die ersterbaute Moschee in Sarajevo. Gebaut wurde sie 1462. und finanziert wurde alles vom Stadtgründer Isa-Beg Ishaković. Diese Moschee ist, jedoch, 1480. abgebrannt, als der Despot Vuk Grgurević, mit seiner Armee aus Jajce, in Sarajevo einmarschierte und Sarajevo in Brand setzte. Auf der selben Stelle wurde die Moschee, wie sie heute aussieht, 1566. wiedererbaut (einige glauben daß die Moschee ganz wiedererbaut wurde, einige glauben wieder daß nur die Kuppel vom Feuer zerstört wurde und nur sie wiedererbaut wurde), und die Arbeiten wurden von Süleyman den Prächtigen finanziert.Zu dieser Zeit war Sinan der Hauptarchitekt des smanischen Reichs, und man glaubt daß diese Moschee einer seiner Schüler oder Mitarbeiter gebaut hat. Das ist ein zentraler Typ von Moschee mit einer dreiseitigen Veranda. Da in die Moschee, zur Zeit der Gebete (besonders am Freitag), viele Menschen kamen, mussten Verandas von allen drei Seiten gebaut werden, doch zwei der Seitenverandas wurden 1847. zugemauert und in Tetime (Nebenräume) vervandelt.
Die Hauptkuppel der Mosche hat die Form einer Halbkugel, was karakteristisch für die osmanische Architektur ist. Man glaubt daß die alte, halbkreisförmige, Kuppel im schon erwähnten Feuer, abgebrannt ist. Während der Restauration am Ende des 20. Jahrhunderts (1980-er oder 1990-er), wurden vier, teilweise restaurierte, Schichten von Wandekorationen entdeckt, und zwar aus dem 16., 18., und dem Beginn des 19. Jahrhunderts. Das achteckige Minarett ist eines der schönsten alten Minaretts in Bosnien und Herzegowina. Wertvolle Grabsteine, die zwischen dem 15. und 19. Jahrhundert entstanden sind, befinden sich im Friedhof hinter der Moschee. Für ein Paar archaische Grabsteine (Nischan) die sich hinter der Gebetnische befinden, glaubt man daß sie wahrscheinlich das Grab des Gründer von Sarajevo, Isa-Beg Ishaković, sind. Im Jahre 1912. erdachte der Architekt Karl Paržik, mit viel Respekt für die Aufgabe, das Gebäude des Medzlis, und verwendete dazu Ideen, die beim bauen von alten bosnischen Häusern verwendet wurden. Dadurch war es ihm möglich das Gebäude in das Ambient der Keisermoschee einzupassen.
